3년 이상 보유한 토지와 건물(미등기자산은 제외)을 양도하는 경우에는 양도차익에서 양도차익에 일정비율을 곱한 금액을 공제하여 주는데 이를 “장기보유특별공제”라 한다.

공제율은 다음과 같다.

- 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 경우 : 양도차익의 10 %

- 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 경우 : 양도차익의 15 %

(1세대1주택 비과세요건을 갖춘 기준미만 고가주택의 경우에는 25 % )

- 보유기간이 10년 이상인 경우 : 양도차익의 30 %

( 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 기준미만 고가주택의 경우에는 50 % )

※ 기준미만 고가주택

ㆍ 주택의 연면적이 264㎡( 80평) 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495㎡( 150평) 미만인 주택

ㆍ 공동주택으로서 주택의 전용면적이 149㎡( 45평) 미만인 주택

위에서 보는 바와 같이 보유기간에 따라 공제율이 다르므로 보유기간이 3년, 5년, 10년 가까이 된 토지와 건물을 양도하고자 하는 경우에는 보유기간이 3년, 5년 또는 10년 이상이 되도록 하여 양도하면 세금을 조금이라도 줄일 수 있다.

예를 들어 상가를 매입하여 임대하다가 5천만원을 남기고 양도한 경우 보유기간에 따른 세부담을 비교해 보면 다음과 같다.

1) 보유기간이 3년 내외인 경우

   - 보유기간이 2년 10월인 경우 : 8,325,000원
   - 보유기간이 3년 1월인 경우 : 6,975,000원(∇ 1,350,000원)

2) 보유기간이 5년 내외인 경우

   - 보유기간이 4년 10월인 경우 : 6,975,000원
   - 보유기간이 5년 1월인 경우 : 6,300,000원(∇675,000원)

3) 보유기간이 10년 내외인 경우

   - 보유기간이 9년 10월인 경우 : 6,300,000원
   - 보유기간이 10년 1월인 경우 : 4,950,000원 (∇1,350,000원)

다만, 미등기 양도 자산이나 60% 중과대상인 1세대 3주택 이상자가 2004.1.1 이후 양도하는 주택에 대하여는 장기간 보유하였더라고 "장기보유특별공제"를 적용받을 수 없다.